Existe limitação na quantidade de linhas de um arquivo de pagamento?

Sim. Existem algumas limitações nos tamanhos dos arquivos, determinado pela quantidade de linhas (ou de pagamentos) que deseja realizar.

Essa limitação é diferente conforme o tipo de transação que deseja realizar:

Para TEDs e Transferências entre contas BPP: Máximo de 500 linhas
Para Carga em cartões em lote: Máximo de 200 linhas.

Obs.: Essa limitação é para os modelos de arquivo BPP e CNAB.